Как и другие нитрофураны, нифуроксазид блокирует некоторые окислительно-восстановительные ферментные реакции в клетках микроорганизмов. При применении в терапевтических дозах оказывает бактериостатическое действие, в высоких дозах - бактерицидное. Высоко активен в отношении Campylobacter jejuni, Escherichia coli, Salmonella spp., Shigella spp.; Clostridium perfringens, Vibrio cholerae, патогенных Vibrions и Vibrio parahaemolytique, Staphylococcus spp.
Слабо чувствительны к нифуроксазиду: Citrobacter spp., Enterobacter cloacae и Proteus indologenes.
Резистентны к нифуроксазиду: Klebsiella spp., Proteus mirabilis, Providencia spp., Pseudomonas spp.
He влияет на сапрофитную флору (не вызывает дисбактериоза). Резистентность микроорганизмов к препарату не развивается.